I. MỤC ĐÍCH

Quy định thống nhất các bước tiến hành phản ứng realtime PCR cho xác định HBV kháng Adefovir hoặc Lamivudine.

II. PHẠM VI ÁP DỤNG

Áp dụng tại Khoa xét nghiệm Vi sinh - Bệnh viện đa khoa Tỉnh Quảng Ninh.

III. TÀI LIỆU VIỆN DẪN

• Quyết định 26/QĐ-BYT ban hành ngày 03/01/2013 về việc ban hành tài liệu “Hướng dẫn quy trình kỹ thuật chuyên ngành Vi sinh Y học”
• Bộ Y tế, Giáo trình thực hành Vi sinh vật, NXB Y học, 2004.

IV. TRÁCH NHIỆM

• Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
• Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
• Cán bộ QLCL, tổ trưởng chuyên môn chịu trách nhiệm giám sát việc tuân thủ quy trình

V. ĐỊNH NGHĨA, THUẬT NGỮ, CHỮ VIẾT TẮT

RT – PCR	Real Time Polymerase Chain Reaction
DNA	Deoxyribose Nucleic Acid
BP	Bệnh Phẩm
IC	Internal Control
HBV	Hepatitis B Virus
RT – PCR	Real Time Polymerase Chain Reaction

VI. NGUYÊN LÝ

Áp dụng realtime PCR xác định HBV kháng thuốc ở các BN nhiễm HBV có dấu hiệu kháng thuốc Adefovir và Lamivudine.

VII. TRANG THIẾT BỊ VÀ VẬT TƯ

7.1. Trang thiết bị

- Máy ly tâm Centrifuge 5424R (Eppendorf)

- Máy ly tâm MF 80 ( Hanil)

- Tủ lạnh 2°C - 8°C

- Tủ âm sâu (-20°C)

- Tủ an toàn sinh học cấp 2

- Tủ an toàn sinh học Esco PCR Cabinet

- Máy vortex

- Micropipettes 10µl, 100 µl, 1000 µl

- Máy ly tâm lắng mẫu nhanh cho tuve 0,2ml

- Máy tách chiết DNA – RNA tự động SaMag 12 – Sacase Biotechnology

- Máy SaCycler – 96 Real Time PCR System - Sacase Biotechnology

- Bộ lưu điện

7.2. Dụng cụ hóa chất, vật tư tiêu hao

- SaMag Viral Nucleic Acid Extraction Kit

- Kít định lượng virus HBV Real-TM (HBV Real-TM Quant Dx): Đạt tiêu chuẩn ISO 9001:2008 & 13485:2012.

- Khay đựng bệnh phẩm

- Hộp vận chuyển bệnh phẩm  

- Tube đựng bệnh phẩm  15ml, 50ml

- Đầu  côn  có  lọc  10µl , 100 µl, 1000 µl

- Effendorf  loại 1,5 ml vô trùng

- Giấy thấm 

- Giấy xét nghiệm 

- Sổ lưu kết quả xét nghiệm 

- Bút viết kính 

- Bút bi 

- Mũ 

- Khẩu trang 

- Găng không có bột

- Găng tay xử lý dụng cụ 

- Quần áo bảo hộ 

- Dung dịch nước rửa tay 

- Cồn sát trùng tay nhanh 

- Dung dịch khử trùng 

- Khăn lau tay 

- Dụng cụ để làm lạnh và giữ ống PCR

7.3. Mẫu bệnh phẩm

- Máu toàn phần hoặc Huyết thanh được đựng trọng ống không có chất chống đông.

- Lấy mẫu bệnh phẩm theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh.

- Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu.

VIII. NỘI DUNG

8.1

Bước 1: Khởi động máy

- Bật máy real-time PCR ít nhất 15 phút trước khi chạy chương trình, tín hiệu đèn xanh báo hiệu khởi động máy thành công.

- Bật máy tính và chọn chương trình phần mềm realplex2.

- Kiểm tra kết nối giữa máy tính và máy real-time PCR: nút play màu xanh là kết nối thành công

Lưu ý: Chỉ  khai báo chương trình chạy khi kết nối giữa máy tính và máy real-time PCR  thành công.

Bước 2: Khai báo trên PCR plate

- Xác định vị trí đặt ống PCR

- Chọn unknown cho mẫu BỆNH PHẨM, chứng âm và chứng dương, khai báo tên hoặc số tương ứng với mẫu.

- Lựa chọn màu FAM ,JOE cho mẫu BỆNH PHẨM, chứng dương và chứng âm

- Khai báo các thông số khác: Thể tích chạy mẫu là 25µl, kỹ thuật gắn chất phát quang là Tagman và loại ống PCR - 0.2 ml corning tube.

Bước 3: Cài đặt chương trình luân nhiệt xác định HBV kháng thuốc và tích vào ô pulse

1 Chu kỳ	95oC -5 phút
40 Chu kỳ	95oC -15 giây
	65oC -1 phút + chụp hình

8.2 Real-time PCR xác định HBV kháng thuốc

Bước 1: Chuẩn bị tủ vô trùng và các tube 0.2 ml đặt trên các giá lạnh

Bước 2: Ly tâm các tube chứa master mix để hóa chất lắng xuống đáy ống

Bước 3: Đánh dấu các ký hiệu mẫu bệnh phẩm tương ứng lên các tube PCR: viết ký hiệu lên thành ống, tuyệt đối không viết lên nắp

   + XN kháng adefovir có 3 tube tương ứng: rt 181T, rt181V và rt N236T

   +XN kháng Lamivudin có 3 tube tương ứng: 180rt, 204 rtL và 204 rtV

Bước 4:  Hút 5,0 µl chứng dương, chứng âm và dung dịch DNA mẫu bệnh phẩm vào các tube tương ứng. Thao tác mẫu nào, chỉ mở nắp ống PCR tương ứng, thực hiện xong đóng thật chặt nắp ngay để tránh ngoại nhiễm.

Bước 6: Ly tâm các ống PCR để dịch lắng xuống đáy ống và đặt vào PCR plate ở các vị trí tương ứng.

Bước 7: Dùng giấy thấm lau thật sạch nắp ống trước khi đậy nắp máy. Nếu nắp ống bẩn hoặc chứa nước sẽ gây ra tín hiệu huỳnh quang nhiễu và kết quả real-time PCR không chính xác.

Bước 8: Bấm nút khởi động chạy chương trình trên phần mềm và lưu file vào máy tính.

IX. DIỄN GIẢI KẾT QUẢ

Sau khi kết thúc real-time PCR, chuyển sang chế độ Analysis để phân tích kết quả, có thể phân tích kết quả ở dạng Linear hoặc dạng Log.

Bước 1: Phân tích chứng dương và chứng âm. Chỉ chọn chứng dương và chứng âm, chọn cả hai màu FAM và JOE, xét nghiệm đạt yêu cầu nếu:

- Chứng dương có đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang tuyến tính vượt quá tín hiệu nền của màu FAM

- Chứng âm có đường biểu diễn thẳng và không vượt tín hiệu nền với cả hai màu

Bước 2: Phân tích mẫu BỆNH PHẨM, chọn cả màu FAM và JOE có thể chọn dữ liệu ở chế độ đã xử lý hoặc chế độ thô để có kết quả chính xác nhất

- Mẫu BỆNH PHẨM có đường biểu diễn dương tính tương ứng với 3 vị trí (rt 181T, rt181V và rt N236T) thì kết luận mẫu BỆNH PHẨM kháng adefovir tại vị trí có tín hiệu dương tính.

- Mẫu BỆNH PHẨM có đường biểu diễn dương tính tương ứng với 3 vị trí 180rt, 204 rtL và 204 rtV thì kết luận mẫu BỆNH PHẨM kháng lamivudine tại vị trí có tín hiệu dương tính.

- Mẫu BỆNH PHẨM có đường biểu diễn âm tính với cả 6 vị trí, kết luận BỆNH PHẨM không có đột biến kháng thuốc lamivudine và adefovir.

X. LƯU Ý

10.1. Sai sót

Có thể xảy ra hiện tượng âm tính giả hoặc dương tính giả, thông thường do:

- Thực hiện sai các bước trong quy trình hướng dẫn

- Chứng âm và những mẫu bệnh phẩm âm tính bị nhiễm chéo bởi huyết thanh/huyết tương có nồng độ kháng thể cao

- Dung dịch cơ chất bị nhiễm bởi các tác nhân oxy hóa (thuốc tẩy, ion kim loại…)

10.2. Xử trí

- Tuân thủ đúng các quy trình hướng dẫn của nhà sản xuất và hướng dẫn về độ ổn định hóa chất xét nghiệm trong bộ sinh phẩm

- Kiểm tra và vệ sinh máy thường xuyên trước và sau khi làm xét nghiệm

- Tuân thủ đúng quy trình xét nghiệm

XI. HỒ SƠ LƯU

• Lưu trữ các biểu mẫu phiếu QC theo đúng quy định của khoa.

XII. TÀI LIỆU LIÊN QUAN

Tên tài liệu	Mã tài liệu
Quy trình thu thập và xử lý mẫu bệnh phẩm
Sổ tay hướng dẫn lấy mẫu bệnh phẩm
Quy trình an toàn phòng xét nghiệm
Hướng dẫn sử dụng kit real-time PCR xác định HBV kháng thuốc.