Banner

EV71 GENOTYPE GIẢI TRÌNH TỰ GENE

(Cập nhật: 27/11/2017)

EV71 GENOTYPE GIẢI TRÌNH TỰ GENE

I. MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊNLÝ

1. Mục đích

Xác định trình tự nucleotide đặc trưng cho từng genotype của Enterovirus 71 (EV 71) trong các loại dịch tiết đường hô hấp, các loại dịch khác và phân.

2. Nguyên lý

Xác định trình tự nucleotide đặc trưng cho từng genotype của EV71 bằng kỹ thuật giải trình tự gen.

II. CHUẨN BỊ

1. Người thực hiện

- Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.

- Người nhận định và phê duyệt kết quả: Trưởng khoa, phó khoa, Cán bộ có trình độ đại học trở lên

- Cán bộ quản lý chất lượng, tổ trưởng chuyên môn chịu trách nhiệm giám sát việc tuân thủ quy trình

2. Phương tiện, hóa chất

Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.

2.1 Trang thiết bị

-  Tủ an toàn sinh học cấp 2

-  Máy PCR

-  Máy điện di

-  Máy đọc điện di

-  Máy giải trình tự gen

-  Máy ly tâm 25000 x g

-  Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml

-  Máy ủ nhiệt

-  Máy vortex

-  Bộ lưu điện

-  Tủ lạnh 20C - 80C

-  Tủ âm sâu (-200C hoặc -700C)

Micropipette

2.2 Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)

Thực hiện xét nghiệm 02 mẫu/lần

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

Số lượng

 

1

Bông

kg

0,001

 

2

Cồn

ml

1,000

 

3

Bơm kim tiêm

Cái

1,000

 

4

Panh

Cái

0,0001

 

5

Khay đựng bệnh phẩm

Cái

0,0001

 

6

Hộp vận chuyển bệnh phẩm

Test

0,001

 

7

Tube đựng bệnh phẩm

Cái

2,000

 

8

Găng không có bột

Cái

0,500

 

9

Sinh phẩm chẩn đoán

Test

1,000

 

10

Khấu hao sinh phẩm cho chạy chứng và

Test

1,350

 

kiểm tra chất lượng

 

 

 

 

 

11

Kit tách chiết RNA từ virus

Test

2,350

 

12

DNA marker

Bộ

1,000

 

13

Primer 1 (primer đặc hiệu)

ml

0,0001

 

14

Primer 2 (primer đặc hiệu)

ml

0,0001

 

15

Primer 3 (primer đặc hiệu)

ml

0,0001

 

16

Primer 4 (primer đặc hiệu)

ml

0,0001

 

17

Ống Eppendorf 1,5 ml

Tube

3,000

 

18

Ống Eppendorf 0,2 ml

Tube

1,000

 

19

Đầu côn 10 µl có lọc

Cái

1,000

 

20

Đầu côn 30 µl

Cái

1,200

 

21

Đầu côn 200 µl có lọc

Cái

2,200

 

22

Đầu côn 1 ml có lọc

Cái

3,200

 

23

Ethanol BDH

ml

0,500

 

24

Water-DEPC Treated

ml

2,000

 

25

Thạch

Gam

0.075

 

26

Ladder

ml

0.0025

 

27

Blue Juice Gel loading dye

ml

0.003

 

28

Ethidium Bromide

ml

0.100

 

29

TAE Buffer

ml

0.100

 

30

Giấy thấm

Cuộn

0,100

 

31

Giấy xét nghiệm

Tờ

2,000

 

32

Sổ lưu kết quả xét nghiệm

Tờ

0,001

 

33

Bút viết kính

Cái

0,020

 

34

Bút bi

Cái

0,010

 

35

Cái

0,020

 

36

Khẩu trang

Cái

0,020

 

37

Găng tay xử lý dụng cụ

Đôi

0,020

 

38

Quần áo bảo hộ

Bộ

0,005

 

39

Dung dịch nước rửa tay

ml

8,000

 

40

Cồn sát trùng tay nhanh

ml

1,000

 

 

41

Dung dịch khử trùng

ml

10,000

 

 

 

42

Khăn lau tay

cái

0,010

 

 

 

43

Ngoại kiểm (nếu có)*

 

0,020

 

 
                 

 

* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tưtiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 3 lần/1 năm).

3. Bệnh phẩm

Dịch hầu họng, dịch đường hô hấp, phân, và các loại dịch khác…

4. Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu

III. CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.

1. Lấy bệnh phẩm

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh:

Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu:

2. Tiến hành kỹ thuật

Tách chiết RNA tổng số

Thực hiện phản ứng RT-PCR

Thực hiện phản ứng PCR

Điện di kiểm tra sản phẩm

Giải trình tự gen

Kiểm tra và so sánh trình tự gen của EV71 trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế

IV. NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ

-  Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gen đích không bị nhiễu và phải có độ tương đồng ≥ 90 % mới có thể kết luận được genotype của EV71

V. NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ

-  Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết RNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại toàn bộ xét nghiệm.

-  Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.

 

(Lượt đọc: 710)

Tin tức liên quan

  • Cấp cứu 115
  • Đường dây nóng
  • Khuyến cáo phòng chống bệnh viêm phổi cấp do vi rút Corona
  • Học tập làm theo lời bác
  • Chương trình mục tiêu quốc gia
  • Đại hội đảng
  • Lịch công tác
  • Hình ảnh hoạt động
  • Câu lạc bộ Tim mạch
  • Câu lạc bộ Tiểu đường
  • Câu lạc bộ Hen - COPD
  • Liên kết web
    • Bộ Y Tế
    • Báo Quảng Ninh
    • Sở Y tế Quảng Ninh
    • Báo cáo hoạt động khám chữa bệnh
    • Bệnh viện Bãi Cháy
    • Bệnh viện Sản nhi Quảng Ninh
    • CDC
    • Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm
    • Bệnh viện Cẩm phả
    • Bệnh viện Đa khoa khuc vực Cẩm phả
    • Bệnh viện Lao và phổi
    • Bệnh viện Phục hồi chức năng Quảng Ninh
    • Bệnh viện Việt Nam Thụy Điển Uông Bí
    • Bệnh viện Y dược cổ truyền Quảng Ninh
    • Trung tâm y tế Hạ Long
    • Trung tâm Y tế huyện Ba Chẽ
    • Trung tâm Y tế huyện Bình Liêu
    • Trung tâm Y tế huyện Đầm Hà
    • Trung tâm Y tế huyện Hải Hà
    • Trung tâm Y tế huyện Hoành Bồ
    • Trung tâm Y tế huyện Tiên Yên
    • Trung tâm Y tế huyện Vân Đồn
    • Trung tâm Y tế Thành phố Cẩm Phả
    • Trung tâm Y tế Thành phố Móng Cái
    • Trung tâm Y tế Thành phố Uông Bí
    • Trung tâm Y tế thị xã Đông Triều
    • Trung tâm Y tế thị xã Quảng Yên
    • Bệnh viện 108
    • Trung tâm DI & ADR quốc gia
    • Bệnh viện Bạch Mai
    • Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Thọ
    • Bệnh viện Việt Đức
    • Sở Y tế tỉnh Phú Thọ